La carte d'identité du variant sud-africain passée au crible à La Réunion.

"Séquençage", "ARN", "génome", "variant"... Ces termes scientifiques apparaissent aujourd'hui dans la majorité des sujets traitant de la Covid-19 et de son variant sud-africain "501Y.V2". Si les scientifiques sont à l'aise avec ces expressions et maîtrisent parfaitement les tenants et les aboutissants du séquençage du génome du variant, il n'en est pas de même pour le citoyen lambda. Heureusement, Imaz Press est allé à la rencontre du docteur Patrick Mavingui, qui dirige le laboratoire chargé par les autorités de santé de séquencer les génomes du virus à La Réunion. Grâce à lui, le séquençage du génome du 501Y.V2 n'aura plus de secrets pour vous. 

Mercredi 20 janvier 2021, deux nouveaux cas positifs au variant sud-africain de la Covid-19 ont été recensés sur le sol Réunionnais, portant son total à quatre. Ces données résultent d'analyses réalisées ici-même à La Réunion. Depuis le lundi 18 janvier, l’Unité de mixte de recherche " Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), basée au Cyclotron Réunion Océan Indien (Cyroi) de Saint-Denis, collabore avec l'Université de La Réunion, l'Inserm, le CNRS et l'Institut de recherche pour le développement (IRD) afin de séquencer de façon autonome le génome du variant sud-africain.

Directeur de recherche au CNRS, le docteur Patrick Mavingui dirige également le laboratoire Pimit, dont la spécialité est d'étudier les maladies infectieuses. "Nous sommes chargés par les autorités de santé de vérifier et séquencer les génomes des virus Covid-19 qui seraient éventuellement présents à La Réunion, et en particulier son variant", explique-t-il. Son expertise nous a ainsi permis de mieux comprendre le séquençage du génome. Voici ses réponses.

• A partir de quels échantillons s'effectuent les analyses ?

Les échantillons concernent les personnes suspectées de porter le variant après s'être déplacées dans des zones où celui-ci circule (Comores, Mayotte, Mozambique…). Les analyses se basent dès lors sur des échantillons positifs prélevés sur elles.

• Qu'est-ce que le génome ?

Tout organisme vivant comporte dans ses cellules une chaîne d'acides nucléiques. Ces bases successives, notées A, G, C, T pour l'ADN, ou A, G, C, U pour l'ARN, contiennent l'information permettant d'exprimer les phénotypes, comme les mains, les yeux ou encore les protéines. C'est ce qu'on appelle le génome.

• Qu'est-ce que l'ARN ?

En général, les virus ont des génomes à ADN ou à ARN, qui correspond à l'Acide ribonucléique. Sa structure est plus simple que celle de l'ADN puisqu'elle ne comporte qu'une chaîne au lieu de deux. Il permet au virus d'exprimer tout son phénotype. 

• Comment débutent les analyses ?

Une fois les échantillons positifs reçus, ils sont travaillés dans un laboratoire de sécurité, où le virus est rendu non-pathogène.

• Qu'est-ce que le séquençage ?

Le séquençage résulte de plusieurs technologies permettant dans un premier temps le mélange de solutions, qui se fixent sur les bases AGCU de l'ARN du génome. Des appareils parcourent ensuite, grâce à une enzyme sachant lire les bases, l'ensemble de la chaîne, base par base. Ce signal de bases est alors transmis à un ordinateur qui va lire la correspondance de chacune d'entre-elles.

• Quelle est l'étape suivante du séquençage ?

Une fois l'ensemble du génome obtenu, il doit être comparé avec tous les génomes déjà séquencés à travers le monde (près de 400.000), rassemblés dans une base de données constituée par les scientifiques.

Les premières analyses réalisées à La Réunion ont débuté le lundi 18 janvier et ont porté sur 28 échantillons. Auparavant, ils devaient être envoyés en Métropole, un procédé qui pouvaient prendre plus de dix jours entre leur transport et leur traitement. Aujourd'hui, les résultats peuvent intervenir en 48h, un gain de temps précieux. Le laboratoire où évolue le docteur Patrick Mavingui est actuellement le seul à être à même de séquencer le génome du variant dans le sud-ouest de l'Océan Indien.

En termes de cadences, la France séquence aujourd'hui environ 1.500 échantillons par semaine. Le laboratoire réunionnais en traite pour sa part une centaine. Si le nombre de cas positifs au variant venait à augmenter drastiquement, l'équipe du docteur Mavingui pourrai s'appuyer sur une nouvelle machine, censée arriver le 25 janvier sur l'île en provenance d'Oxford, en Angleterre. La capacité de traitement du laboratoire passera ainsi à 300 analyses par semaine.

- Un coût d'environ 100 euros pour chaque échantillon -

"Les machines ne sont pas réellement très couteuses pour des laboratoires comme le nôtre. En revanche, la technicité qu'elles nécessitent ainsi que ses coûts de réactifs sont élevés. Le coût d'un échantillon peut atteindre les 100 euros. Leur utilisation nécessite également des experts avec des compétences en biologie moléculaire pour séquencer et surtout interpréter les résultats. Car après le séquençage, toute une phase d'analyse doit être réalisée par des bio-informaticiens", explique Patrick Mavingui.

Aujourd'hui, le taux de positivité au variant est de 1% à La Réunion. 2.400 à 3.000 personnes seraient en outre concernées par un séjour récent dans l'une des zones à risques. D'après ces données, Patrick Mavingui déduit "qu'une trentaine" de nouveaux cas positifs au variant sud-africain pourraient être recensés dans les jours à venir sur l'île. Il ajoute : "Maintenant que les voyages sont limités, on se dirige plutôt vers une réduction du nombre potentiel de cas positifs au variant, et non-pas une augmentation, sauf si la dispersion s'effectue de façon autochtone et que le virus s'installe dans des foyers où les personnes ne restent pas confinées. Il faut éviter les chaînes de transmission."

 Source :  http://www.ipreunion.com/ VL  / Photo AFP