Des scientifiques ont créé de nouveaux virus grâce à l’IA, une avancée médicale qui pourrait aussi présenter de sérieux risques
À Stanford, une IA vient d’écrire le génome de seize virus capables de traquer des bactéries résistantes dans des boîtes de Petri. Entre espoir contre l’antibiorésistance et craintes de dérives, cette première mondiale pourrait rebattre les cartes de la biosécurité.
Seize nouveaux virus, conçus par une intelligence artificielle pour tuer des bactéries résistantes, viennent d’être créés en laboratoire. Publiée dans la revue Science, cette étude signe la première génération de génomes viraux complets par un modèle d’IA, un cap que le biologiste de synthèse Patrick Cai qualifie de "étape importante" dans le New York Times.
Ces virus ne ciblent pas l’humain mais uniquement des bactéries Escherichia coli. Ils s’inscrivent dans un contexte où l’antibiorésistance a été associée à plus de 4,7 millions de décès en 2021, selon l’OMS. Derrière cette prouesse technique se cache un double visage : promesse de nouveaux traitements, mais aussi inquiétudes sur ce qu’une telle technologie pourrait engendrer si elle était détournée.
Virus créés par une IA : qu’ont vraiment fait les chercheurs de Stanford ?
L’équipe s’est appuyée sur Evo 1 et Evo 2, des modèles de langage de génome entraînés sur des trillions de nucléotides. Comme un chatbot prédit des mots, Evo prédit des motifs d’ADN. Les chercheurs lui ont demandé de générer des variantes du phage Phi X-174, un bactériophage bien connu, au génome très court d’environ 5 400 paires de bases, qui infecte uniquement E. coli.
Le modèle a produit environ 700 000 génomes candidats. Les scientifiques en ont sélectionné 285, synthétisé l’ADN, puis testé ces séquences dans des boîtes de Petri. Verdict : 16 virus artificiels ont effectivement bloqué la croissance de E. coli. "Les tests suggèrent que certains virus conçus par l’IA se répliquent mieux et transmettent mieux leurs gènes que le Phi X-174 naturel", explique Brian Hie, coauteur de l’étude, dans un communiqué de Stanford.
Mieux, un cocktail combinant ces 16 phages synthétiques a éliminé deux souches d’E. coli résistantes, là où ni Phi X-174 ni un mélange de phages naturels n’y parvenaient. "Si les bactéries deviennent résistantes à un seul phage, le traitement est fini", rappelle Brian Hie. "Mais avec plusieurs phages génétiquement distincts, il est plus difficile pour les bactéries de résister à tout le cocktail".
Ces virus créés par une IA peuvent-ils changer la lutte contre l’antibiorésistance ?
Les bactériophages sont des virus qui n’attaquent que les bactéries. En phagothérapie, on les utilise comme missiles guidés pour cibler un microbe précis, là où un antibiotique agit beaucoup plus largement. "Des virus conçus par une IA pourraient permettre de créer des bactériophages ciblés pour affronter des infections résistantes d’une nouvelle manière", estime l’infectiologue Isaac Bogoch dans Al Jazeera.
Dans la théorie, Evo pourrait enrichir très vite le catalogue de phages disponibles, voire générer un nouveau virus dès qu’une bactérie devient résistante. Dans la pratique, on en est loin. En France, la phagothérapie reste confinée à l’hôpital, en dernier recours, sous contrôle strict de l’ANSM et sans autorisation de mise sur le marché. Les phages conçus par IA devront passer par des années de validation préclinique et clinique avant d’arriver au chevet des patients.
Une IA qui crée des virus : quels risques et quels garde-fous à mettre en place ?
La possibilité de concevoir des virus fonctionnels fait immédiatement penser au risque de pathogènes dangereux. Isaac Bogoch prévient que "des garde-fous solides, des systèmes de filtrage et une supervision doivent se développer en même temps que la technologie". Les auteurs ont tenté de limiter les usages abusifs en excluant des données d’entraînement tout génome infectant humains, animaux, plantes ou champignons, et en appliquant des protocoles de biosécurité renforcés.
Les limites scientifiques jouent aussi un rôle de frein. "Le génome de ce phage est littéralement le plus petit et le plus simple à concevoir et fabriquer", rappelle Tom Ellis à Al Jazeera. "Pour comparer, le génome du virus du Covid est six fois plus long et la complexité augmente de manière exponentielle. Un virus six fois plus long sera probablement une centaine de fois plus difficile à créer". Concevoir un nouveau SARS-CoV-2 sur mesure n’est donc pas à portée immédiate.
Reste que l’IA génomique réduit déjà la distance entre un fichier texte et un virus vivant testé au laboratoire. Cette avancée oblige chercheurs, autorités sanitaires et régulateurs à clarifier qui peut accéder à ces modèles, comment filtrer les commandes d’ADN synthétique et où tracer la ligne entre innovation médicale et risque de biosécurité.
Source : FJ
